2021年3月，学校进行专业、院系调整，济宁学院数学与计算机应用技术学院由数学系和计算机科学系共建而成，其渊源济宁师专数学系，是学校最早的四个教学单位之一。学院现有教职工107人，其中专任教师98人，教授7人、副教授22人,兼职硕士生导师9人，博士16人，博士（在读）6人、硕士69人；现设有数学与应用数学、计算机科学与技术、应用统计学、数据科学与大数据技术、软件工程五个本科专业和小学数学教育一个专科专业。

学院拥有计算机实验中心、云计算与大数据实验室、人工智能实验室、数学建模实验室、3D打印研发中心（校级）、山东省服务外包人才培训中心，实验设备近780台（件），总价值近1000万元。注重提升学生应用实践能力，组织学生参加各类创新创业竞赛，共获各类省级以上奖励200余项。在山东省师范类高校学生从业技能大赛中，近三年获得一等奖4项、二等奖3项、三等奖4项。在山东省“挑战杯”、“齐鲁软件杯”“互联网+创业大赛”中屡获佳绩，且有4项发明专利实现了企业转化。

学院近年来承担并主持国家自然科学基金5项、省部级项目17项、市厅级11项；发表论文180余篇，SCI、EI收录80余篇；授权发明专利 10项；获奖20余项。

学院教学、科研标志性成果有：山东省普通本科高校应用型人才培养发展支持计划专业（数学与应用数学）；山东省特色专业（数学与应用数学）；校特色专业、高水平应用型立项建设专业（群）建设项目支持专业（计算机科学与技术）；山东省教学团队（数学与应用数学专业教学团队）；山东省精品课程群9门（数学分析、高等代数、解析几何、概率论与数理统计、数学教育学、常微分方程、数值计算方法、离散数学、数学建模）；济宁学院高水平应用型立项建设专业群；山东省本科一流课程(数学分析)；山东省课程思政示范课程(数学分析)。

学院注重大学生素质教育，贴近大学生思想、学习、工作和生活的实际需求，建立“头雁领航”、“朋辈互助辅导”和IT学子科技创新两个工作室，依托大学生党员服务站、优秀学长智库、学霸天团、IT讲堂、企业大咖进校园、IT校园之星评选等品牌项目进行大学生素质拓展活动，完善了大学生心理辅导、思想教育、日常学习管理、实习实训、就业创业、社会实践服务体系。